BIO331_2022

BIO331

View the Project on GitHub vprobon/BIO331_2022

BIO331 - Υπολογιστική και Συστημική Βιολογία

Περιεχόμενα Μαθήματος - Πρόγραμμα Διδασκαλίας

Το μάθημα διδάσκεται τις παρακάτω ημέρες και ώρες

Διαλέξεις: Δευτέρα και Πέμπτη, 10.30-12.00 (B141 - ΣΘΕΕ01).

Φροντιστήριο: Τετάρτη, 12.00-13.00 (B141 - ΣΘΕΕ01).

ΠΡΟΣΟΧΗ:

Η ημερομηνία της τελικής εξέτασης θα οριστεί από την ΥΣΦΜ.

Ενδεικτικό πρόγραμμα διδασκαλίας

ΑΑ Ημερομηνία Περιγραφή Σχετικό Υλικό
1 Δευτέρα 22/01 Κατατόπιση στο πρόγραμμα διδασκαλίας και αξιολόγησης - Επισκόπηση του μαθήματος.
    Μέρος Πρώτο - Εισαγωγή  
2 Τετάρτη 24/01 Δεν θα πραγματοποιηθεί φροντιστήριο. Εξοικειωθείτε με την Python Κεφ. 1. Χρήσιμες πληροφορίες στην περίπτωση που θέλετε να εγκαταστήσετε την Python στο δικό σας υπολογιστή. Το υλικό αυτό αυτό θα σας είναι χρήσιμο. παρότι θα δουλεύουμε σε διαφορετικό περιβάλλον εργασίας (δείτε παρακάτω).
    Μέρος Δεύτερο - Εισαγωγή στον Προγραμματισμό με τη Γλώσσα Python  
3 Πέμπτη 25/01 Ξεκiνώντας με την Python - Εξοικείωση με το περιβάλλον εργασίας των εργαστηρίων Βασικές Πληροφορίες
    Συμβάσεις συγγραφής κώδικα - Βασικοί τύποι δεδομένων - Τελεστές - Δηλώσεις - Δομές ελέγχου ροής Ι Κεφ. 2
4 Δευτέρα 29/01 Συμβολοσειρές - Λίστες - Slices - Λεξικά - Δομές ελέγχου ροής ΙΙ Κεφ. 3
5 Τετάρτη 31/01 Ασκήσεις
6 Πέμπτη 01/02 Συναρτήσεις και ορίσματα Κεφ. 4
7 Δευτέρα 05/02 Αρχεία - Μετατροπές τύπων - Εξαιρέσεις Κεφ. 5
8 Τετάρτη 07/02 Κανονικές εκφράσεις και το πακέτο re - Πακέτα (import) Κεφ. 6
9 Πέμπτη 09/02 Αντικειμενοστραφής και διαδικασιακός προγραμματισμός - Κλάσεις και αντικείμενα (instances, methods, inheritance) Κεφ. 7
10 Δευτέρα 12/02 - Παρασκευή 16/02 Ασκήσεις αυτοαξιολόγησης  
    Μέρος Τρίτο - Εφαρμογές στην Υπολογιστική και Συστημική Βιολογία  
11 Δευτέρα 19/02 Επεξεργασία Δεδομένων Αλληλούχησης Νέας Γενιάς (NGS) Κεφ. 8
12 Τετάρτη 21/02 Ασκήσεις
13 Πέμπτη 22/02 Εργαστηριακοί Αυτοματισμοί Κεφ. 9
14 Δευτέρα 26/02 Εργαστηριακοί Αυτοματισμοί ΙΙ Κεφ. 10
15 Τετάρτη 28/02 Ασκήσεις
16 Πέμπτη 29/02 Επεξεργασία Δομικών Δεδομένων (PDB) Κεφ. 11
17 Δευτέρα 04/03 Ασκήσεις
18 Τετάρτη 06/03 Μεταγραφή Γονιδίων - Κινητική - Εισαγωγικές Έννοιες Κεφ. 12
19 Πέμπτη 07/03 Μεταγραφή Γονιδίων - Κινητική Κεφ. 12
20 Δευτέρα 11/03 Βιολογία Συστημάτων και Δίκτυα Κεφ. 13
21 Τετάρτη 13/03 Ασκήσεις
22 Πέμπτη 14/03 Ρυθμιστικά Δίκτυα Κεφ. 14
  Δευτέρα 18/03 Αργία (Καθαρά Δευτέρα)
23 Τετάρτη 20/03 Ασκήσεις Αυτοαξιολόγησης
24 Πέμπτη 21/03 Αναπτυξιακή Βιολογία και Πολύπλοκα Συστήματα Κεφ. 15
  Δευτέρα 25/03 Αργία
25 Τετάρτη 27/03 Μορφογένεση Κεφ. 16
26 Πέμπτη 28/03 Οικολογία και Δυναμική Πληθυσμών Κεφ. 17
  Δευτέρα 01/04 Αργία
27 Τετάρτη 03/04 Επιδημιολογικά μοντέλα Κεφ. 18
28 Πέμπτη 04/04 Πληθυσμιακή Γενετική Κεφ. 19
    Μέρος Τέταρτο - Εφαρμογές στην Ανάλυση Δεδομένων  
29 Δευτέρα 08/04 Οπτικοποίηση δεδομένων και περιγραφική στατιστική
30 Τετάρτη 10/04 Κύκλος Συζήτησης στα Θέματα Σεμιναρίων
31 Πέμπτη 11/04 Τεχνικές επιβλεπόμενης και μη-επιβλεπόμενης μάθησης (Νευρωνικά δίκτυα, clustering κλπ)
32 Δευτέρα 15/04 Μη-εποπτευόμενη Μάθηση για την μελέτη δεδομένων γονιδιακής έκφρασης
33 Τετάρτη 17/04 Κύκλος Συζήτησης στα Θέματα Σεμιναρίων
34 Πέμπτη 18/04 Εποπτευόμενη Μάθηση για ταξινόμηση πρωτεϊνικών μοτίβων